Структура за темами

  • Структура нуклеїнових кислот: ДНК та РНК

    В даному змістовному модулі розглядаються структурні елементи молекул нуклеїнових кислот: азотисті основи, дезоксирибоза, фосфатна група. Пояснюються основи роботи з програмою візуалізації структури молекул VMD. Наводяться бази даних структур молекул PDB та NDB. Розглядається конформаційна гнучкість кільця дезоксирибози, надається визначення поняття торсійного кута. Проводиться аналіз торсійних кутів остова ДНК. Виводиться вираз для кута псевдообертання фуранозного кільця та проводиться аналіз конформацій дезоксирибози. В якості завдання студенти мають провести розрахунок торсійних кутів за координатами атомів банку даних PDB. Наводиться детальний аналіз параметрів структури подвійної спіралі ДНК, системи координат основи (локальна система), пари основ,  двох пар основ (димеру). Проводиться огляд конформацій нуклеїнових кислот: А-, В-, С-, D-, Z-форми, хрестоподібна форма ДНК, потрійні спіралі, G-квадруплекси, структура Холідея. Проводиться порівняльний аналіз структур А-, В-, та Z-форм ДНК за координатами атомів.